O interior do templo está dividido em coxias e há dois altares de cada lado do corpo da igreja. Dois outros altares se encontram localizados no Cruzeiro. No presbitério, no alto, está o altar-mor. Os altares do corpo da igreja são em estilo simples e pintados de branco. Só os que ficam ao lado do arco-cruzeiro são dourados. Os altares laterais do corpo da igreja e este grupo foram entalhados pelo artista sanjoanense Joaquim Francisco de Assis Pereira, assim como a imagem de Cristo atado à coluna.
Apoiado na cimalha, que corre por todo o corpo da igreja, e bem no centro do arco-cruzeiro, está um escudo, ornado de volutas, que tem em seu campo central o emblema da Ordem Terceira do Carmo. É ladeado por dois grandes anjos. Um grupo escultural, no teto abaulado da grande nave, representa o Santo Padre o Papa João XXII recebendo de Nossa Senhora do Carmo a inspiração da Bula Sabatina.
Os púlpitos, localizados entre os altares das coxias são peças de grande valor artístico com ornatos delicados e cabeças de cinco querubins e cobertos por bonitos e burilados dosséis, que em sua parte superior sustentam um Anjo com trombeta, para anunciar a todos os quadrantes as verdades do Evangelho. Na concavidade do quebra-voz encontra-se esculpido o Divino Espírito, inspirador e assistente permanente da Igreja.
As grades das coxias, assim como a Mesa da Comunhão, são torneadas em madeira de lei e com artísticos balaústres.
Entre duas grandes janelas, de cada lado, que iluminam o interior da pequena nave, estão colocadas telas de suave colorido do pintor Jorge-Grimrn. Foram pintadas em 1879, pela quantia de 530$000 réis. Uma representa a Transfiguração do Tabor e a outra Arrebatação de Santo Elias, em carro de fogo, deixando seu manto para Santo Eliseu.
