As torres, redondas e em número de duas, terminam em cúpula com balaustrada e são arrematadas em bola, que se adelgaça em ponta. Pilastras de pedra azulada as sustentam. Existe uma comunicação entre as duas torres por cima do telhado da igreja.
Nas sineiras estão os sinos (ver Linguagem dos Sinos), à direita para quem está na frente da igreja, os sinos grande, meão e pequeno. O sino maior foi fundido no Arsenal de Guerra, no Rio de Janeiro, em substituição ao anterior que havia rachado. Querendo aproveitar ainda o sino, foi tentado um processo de solda no mesmo Arsenal e colocado na Torre do lado esquerdo. Pouco tempo depois foi retirado, por não ter dado resultado o processo a que se submeteu. Mandado novamente para esse departamento do Ministério da Guerra, ficou parado por causa da 2a Guerra Mundial, sendo refundido e bento em março de 1961. Está agora solitário na torre do lado esquerdo. Este sino foi fundido pela primeira vez em 1830 aqui mesmo em São João del-Rei. Em 1939 foi refundido nas oficinas da R. M. Viação em Cruzeiro. Pouco abaixo das janelas das torres existem mostradores para relógios. No ano de 1903 existiu um relógio em uma das torres.
Entre as torres há um gracioso frontão que assenta sua base sobre um grande arco da cimalha e se desenvolve para os lados até encontrar-se em curvas e contracurvas, com as pilastras que sustentam as torres. É trabalho do artista são-joanense alferes Aniceto de Sousa Lopes, combinado, em 3 de novembro de 1809, para fazer o frontão, torres e o arco do coro, pela quantia de 675 réis por dia. O tímpano é esculpido com arte e gosto, tendo ao centro Jesus Cristo, em uma cruz de três pares de asas, pairando entre nuvens, e São Francisco, ajoelhado e de braços abertos, recebe as Chagas. Em sua frente está um cordeiro e um frade em oração. Sobre o frontão está plantada uma cruz de Lorena. Esse conjunto arquitetônico, entre torres, pousa em uma arquitrave de alvenaria arqueada ao centro para dar lugar ao óculo redondo envidraçado. Esta arquitrave por sua vez é sustentada por pilastras de magnesita, encimadas por capitéis estilizados. Aos lados do óculo, um pouco abaixo, estão duas janelas com ombreiras e dintéis de pedra, ornados de pequenos frontões delicadamente lavrados.
O telhado é ligeiramente curvo, a cumieira em forma de dorso arqueado, combinando com as paredes laterais do corpo da igreja, que são elipsóides.
