A capela-mor, com cerca de 16 metros de comprimento por 8 de largura, tem a forma quadrangular e em linhas retas, enquanto o corpo da igreja tem as paredes ligeiramente curvas. O retábulo do altar-mor é de talha dourada, bem assim as saliências ornamentais do teto desta pequena nave. Os degraus que dão acesso ao plano mais elevado onde se encontra o altar-mor são de cantaria, assim como todo o piso. O frontão ou parte superior do retábulo compõem-se de bonita escultura em relevo, representando a Santíssima Trindade. Ao lado direito a figura de Jesus Cristo segurando uma Cruz, à esquerda a efígie de Deus Pai e encimando este grupo o Divino Espírito Santo, na forma clássica de uma Pomba. As colunas torças têm as bases em espiral estriadas e os fustos espiralados são ornados por festões dourados. Os capitéis finamente talhados coroam de forma magnífica este trabalho.
Um bonito e riquíssimo lustre, todo de cristal colorido, pende do centro do teto desta capela-mor. O único lustre igual a este, está no museu de Versalles, em Paris. Bonitas cadeiras de espaldar, unidas 4 a 4, servem para assento dos Irmãos nas funções religiosas.
Sobre colunas se apoia o arco simples da abertura do camarim do trono e o entablamento que corre pelas paredes laterais do presbitério, arqueando-se quando se aproxima do centro para dar lugar a dois óculos que iluminam o interior desta pequena nave. Nos nichos laterais da abertura do trono, formados pelas colunas, ficam as imagens de Santa Isabel, rainha de Portugal, e Santa Rosa de Viterbo. No primeiro degrau do trono se vê uma imagem, em tamanho natural, de Nossa Senhora da Conceição, com o pedestal ornado de anjos. No alto do trono está o quadro da estigmatização, representado pela imagem de Nosso Senhor Jesus Cristo pregado na Cruz e pouco abaixo, ajoelhado, a figura de São Francisco de Assis recebendo as Chagas, lembrando a passagem da vida de São Francisco de Assis no Monte Alverne.
O arco-cruzeiro é composto de colunas poligonais, apresentando três faces com frustes delicadamente traçados e pedestais de pedra azul esverdeada. Sobre elegantes capitéis finamente lapidados está ajustado um arco de granito.
Os púlpitos são "balcões" que ficam "pregados" na parede da igreja e cabe uma pessoa dentro. Na igreja de São Francisco de Assis existem dois púlpitos, um de cada lado, são muito bem esculpidos, encimados por grandes estátuas em tamanho natural: Moisés, do lado do Evangelho e Inocêncio III, do lado da epístola. O púlpito do lado do Evangelho tem esculpido delicados quadros: na frente a "Anunciação" e lateralmente São João Evangelista e São Lucas. O outro púlpito é ornado na parte da frente com a figura de Jesus sustentando na mão esquerda um globo encimado por uma cruz e a mão direita apontada para o céu. Aos lados estão São Marcos e São Mateus. Chega-se aos púlpitos por escadas dentro das paredes laterais do templo. Estas escadas tem largura quase de um metro, o que dá idéia da largura das paredes de pedra da igreja.
Apenas um púlpito é usado. Atualmente, quase que não usa-se mais o Púlpito, apenas nas cerimonias muito importantes como o dia de São Francisco de Assis é quando o padre celebra de lá de cima.
