São João Evangelista, num dos nichos do Altar de São Lúcio e Santa BonaSão João Evangelista, num dos nichos do Altar de São Lúcio e Santa Bona
Como na maioria dos grandes templos da época colonial, tem sete altares: o altar-mor e seis no corpo da igreja, sendo três de cada lado. Os altares da grande nave são de madeira muito bem burilados e dotados de um frontão alto. Todos seis são de madeira, burilados e dotados de frontão. Receberam revestimento em decapê branco. A Ordem pretendia dourá-los, mas não o fez. Posteriormente foram raspados, para maior realce do trabalho e do material empregado. Todos têm peanhas em seu retábulo, com dossel e camarim de trono. São iguais, dois a dois, ficando um em frente ao outro. O altar dos Bem Casados difere do seu parceiro de frente somente em uma peanha lateral. Em frente a cada altar lateral há um suporte com um lustre. O teto é em abóbada elíptica. Tem ao centro um florão de madeira esculpida, pendendo do mesmo um grande lustre de prismas de cristal. Na cimalha que sustenta o teto, encontra-se, contornando toda a grande nave, um varandim de balaustrada, com suportes para lâmpadas.
Ao lado direito de quem entra no templo, ficam os seguintes altares:
Ao lado esquerdo, ficam os seguintes altares:
Abaixo a descrição detalhada de cada um desses altares:
- do Amor Divino, representado por Cristo com o braço direito desprendido da cruz para abraçar São Francisco de Assis. Este altar é também dedicado a Nossa Senhora da Conceição. Nos nichos laterais são venerados: São Sebastião e São Geraldo. Em baixo da Mesa do altar, acha-se uma imagem de Cristo Morto; é uma verdadeira obra de arte, pela sua perfeição anatômica e encarnação. Foi adquirida em Portugal em 1906.
- de São Pedro de Alcântara, É uma escultura em madeira de grande peso. Logo abaixo está a efígie de Santa Teresa do Menino Jesus. Aos lados são venerados: São João Nepomuceno e São Boaventura.
- de São Luís, Rei de França, que fica ao lado do arco-cruzeiro. Uma imagem de São João Batista fica logo abaixo. Aos lados venera-se Santo Antônio de Pádua e São Domingos, fundador da Ordem dos Pregadores.
- de Santa Margarida de Cortona, o primeiro altar do lado esquerdo, fica em frente ao do Amor Divino. Tem embaixo da Mesa do altar, em abertura aí existente, a imagem do corpo de São Francisco de Assis. Aos lados do retábulo estão: São Francisco de Paula e São Bento, ao centro, a Sagrada Família.
- de São Lúcio e Santa Bona é o altar dedicado a veneração dos "Bem Casados". A talha deste altar foi feita em 1827. Veneram-se ainda neste altar: São João Evangelista, que tem na peanha esculpida uma águia, símbolo deste Apóstolo; Santa Rita de Cássia e São Pascoal Bailão.
- de São Francisco de Assis, patrono da Igreja fica junto ao arco-cruzeiro e pouco abaixo fica uma imagem do Sagrado Coração de Jesus. Lateralmente vêem-se São José e Nossa Senhora de Lourdes.
